Le réaménagement par le Port Autonome de Paris des ports de la Gare, Austerlitz et National va donner un nouveau dynamisme aux quais. Le premier chantier concernait le port de la Gare, situé entre le pont de Bercy et le pont de Tolbiac. cet aménagement accompagne l'avènement de la piscine flottante et de la passerelle piétonne Simone-de-Beauvoir, en face de la BnF.
"Ces nouveaux équipements, réalisés par la Ville de Paris, engendrent un flux de visiteurs considérable ", raconte Christophe Bayle, architecte à la Semapa. Le port de la Gare "new look" présente trois innovations majeures. La promenade piétonne est élargie en "bord à quai", c'est-à-dire au plus près du fleuve.

L'embarcadère de transport fluvial de passagers et les équipements de la berge sont accessibles aux personnes à mobilité réduite. Fi du stationnement anarchique qui a été supprimé ; seuls les arrêts ponctuels pour livraison ou dépose seront autorisés. Des arbres à hautes tiges ont été plantés en fond de quai, les lampadaires sont remplacés. L'animation connaît également une nouvelle ère avec, en été, des activités culturelles et de restauration en terrasses. À dose "très modérée", assure le Port Autonome : "moins de 15% de la surface sont occupés par les extensions temporaires de terrasses."

Des représentants de la Ville, des membres d'associations et les riverains souhaitent et ils l'ont écrits au Port Autonome de Paris, que des espaces libres de contemplation existent. Par ailleurs la Mairie du 13e reste très attentive au positionnement futur des péniches. En effet, la Mairie souhaite que les péniches générant le plus de bruit ne soient pas positionnées en bas des immeubles d'habitations, mais plutôt à proximité de la BnF.

Le second réaménagement concerne le port de Tolbiac, entre le pont de Tolbiac et le pont National. Il a une vocation plus industrielle : il accueille des infrastructures utilisatrices du transport fluvial. Celles-ci vont être modernisées en termes de haute qualité environnementale (meilleure insertion architecturale, réduction des émissions de poussière et du bruit). Les promeneurs bénéficieront d'une nouveauté : 50 % de l'espace industriel leur sera ouvert en dehors des heures d'exploitation, le soir ainsi que les week-end et jours fériés. Ils pourront ainsi cheminer jusqu'au Port de la Gare et profiter de ses animations.

Ce réaménagement devrait permettre de développer et de diversifier le fret fluvial au service de la ville. Le port d'Austerlitz fera aussi l'objet d'une réhabilitation attendue, en relation avec celle des Magasins généraux et de la gare, avec l'objectif de prolonger la déambulation par les quais au-delà du pont d'Austerlitz, jusqu'au jardin Tino Rossi, quai St-Bernard.